O envolvimento dos cosmógrafos, surge pela primeira vez, de forma mais ou menos explícita, no século XVI. PEDRO NUNES é um dos primeiros cosmógrafos de que há referência, a interessar-se por este novo corpus de conheimentos. A actuação de Pedro Nunes enquadra-se, de um modo geral, no típico quadro de desarticulação entre a sabedoria livresca e a chamada sabedoria prática, que se verificou desde cedo em Portugal.

   Homem de vasta cultura, Pedro Nunes é nomeado por alvará régio para o cargo de cosmógrafo em 1529 e para o cargo de cosmógrafo-mor em 1547. Sabe-se que terá repartido as suas funções em Lisboa, com a cátedra de matemática na Universidade de Coimbra, pelo menos até à sua jubilação em 1562. Em 1572, terá sido chamado de novo às suas funções de cosmógrafo, por D. Sebastião, para leccionar uma aula aos pilotos.

   Alguns autores defendem que quando Pedro Nunes é nomeado para cosmógrafo oficial, em 1529,
já existiria uma espécie de exame para avaliar as capacidades dos cartógrafos, técnicos de instrumentos e pilotos. Não há nenhuma referência a que esse exame fosse precedido de quaisquer tipos de aulas para além da simples prática. A novidade nas suas "aulas", é que funcionariam a título
de lições teóricas para os pilotos, preparatórias para o tal exame.

   Tanto as "aulas" como a verificação da aptidão dos cartógrafos, não terá sido tarefa fácil. As incompatibilidades entre Pedro Nunes e os homens das navegações encontram-se bem
documentadas. De entre estes, pode referir-se a alteração do valor do grau da estrela Polar, que
não foi aceite pelos pilotos, provavelmente por ter tido cálculos aritméticos demasiado complexos
para a compreensão destes, ou a invenção de um anel náutico menos preciso do que um que já
existia, e que além disso implicava que os navios estivessem estáveis durante as leituras, o que se tornava inviável na prática.

   Pedro Nunes desenvolve, no entanto, duas notáveis excepções no campo da cooperação com homens ligados à prática das navegações: MARTIM AFONSO DE SOUSA e D. JOÃO DE CASTRO.

   Martim Afonso de Sousa terá exposto ao mestre matemático algumas das suas "dúvidas de navegação", surgidas no decorrer da sua expedição ao Brasil em 1530 - 1533. Desta relação terá surgido o Tratado de Certas Dúvidas da Navegação e o Tratado em Defensão da Carta de Marear, onde o matemático e cosmógrafo,desenvolve o problema da definição das rotas no mar e a sua marcação nas cartas de marear, integrado na tradução do Tratado da Sphera de João Sacrobosco (1537).

   A sua relação com D. João de Castro terá sido a mais conhecida. D. João de Castro, nas suas viagens, experimentaria com certa frequência indicações e instrumentos fornecidos por Pedro Nunes. Nomeadamente, terá posto em prática processos de determinação de latitudes por alturas extrameridianas do Sol e de declinação magnética, também por observações solares.

   De entre os trabalhos que Pedro Nunes deixou, relacionados de forma mais ou menos directa com
as navegações, tem-se a famosa obra De Crepusculis (1542), onde é abordado o problema do crepúsculo com a latitude e a ápoca do ano, ou a obra Petri Nonii Salaciensis Opera (1566) que se apresenta como uma compilação em latim de trabalhos relacionados com a arte de navegar.

   A Pedro Nunes sucede no cargo de cosmógrafo-mor o físico Tomás de Orta, nomeado pelo rei
Filipe I de Portugal, que exerce o cargo entre 1582-1583. A Tomás Orta sucede João Baptista
Lavanha que começa por servir D. Sebastião e entra ao serviço de Filipe I de Portugal e dos seus sucessores, quando é consumada a união ibérica. Em 1582, é designado para que se ocupe de questões de cosmografia, geografia, topografia e matemática, na corte. Em 1586 é nomeado engenheiro do reino de Portugal e em 1591 é nomeado para o cargo de cosmógrafo-mor e é
incumbido de leccionar uma "cátedra de matemática", na tradição de Pedro Nunes.